Van der Sar có mặt trong đội hình đội tuyển Hà Lan tham dự World Cup 1994 nhưng lại không được thi đấu. Anh đã phải chờ đến ngày 7 Tháng 6 năm 1995 cho lần ra mắt quốc tế của mình, gặp đội tuyển Belarus. Anh đã ghi bàn từ chấm phạt đền trong 3 vòng đấu loại liên tiếp tại các giải đấu quan trọng như: Euro 1996, World Cup 1998 và Euro 2000. World Cup 2002 là giải đấu lớn đầu tiên mà anh không được tham dự do Đội tuyển Hà Lan đã thất bại trong việc giành vé đến Nhật Bản - Hàn Quốc sau khi không thể cạnh tranh được với đội tuyển Bồ Đào Nha và đội tuyển CH.Ireland.

Euro 2004

Tại tứ kết Euro 2004, trong loạt sút luân lưu với Thụy Điển, Van der Sar đã cản phá được một quả sút penalty của Olof Mellberg, giúp Hà Lan giành chiến thắng 5–4 trên chấm phạt đền[23], tuy vậy trong trận bán kết Đội tuyển Hà Lan đã để thua đội tuyển Bồ Đào Nha.[24]

World Cup 2006

trước trận đấu vòng bảng World Cup 2006 gặp Bờ Biển Ngà, Van der Sar đã không để lọt lưới bàn nào trong 9 trận liên tiếp. là đội trưởng của Hà Lan, anh đã phá vỡ kỉ lục khoác áo đội tuyển nhiều nhất của Frank de Boer trong vòng đấu thứ 2 gặp Bồ Đào Nha.[25]

Euro 2008

Vào sinh nhật lần thứ 37 của mình, Van der Sar, trong cuộc phỏng vấn với Radio 538, đã tiết lộ rằng anh có ý định giã từ sự nghiệp thi đấu quốc tế sau kì Euro 2008.[26] Trước giải đấu, anh là người đã chấm dứt cuộc tranh chấp kéo dài giữa tiền đạo kì cựu Ruud van Nistelrooy và huấn luyện viên Marco van Basten.[27] Anh mang băng đội trưởng trong chiến thắng 3–0 đầy ấn tượng trước Ý vào ngày 9 tháng 6 năm 2008 và trong trận thắng 4–1 trước Pháp ngày 13 tháng 6. Ngày 21 tháng 6, anh chơi trong trận tứ kết gặp đội tuyển Nga,trận đấu kết thúc với tỉ số 3-1 nghiêng về đội tuyển Nga và đây cũng được cho là trận đấu quốc tế cuối cùng của anh.[28] Đây là lần ra sân thứ 16 của anh tại vòng chung kết giải vô địch châu Âu, ngang bằng với kỉ lục được lập ra ít ngày trước đó bởi Lilian Thuram.

Vòng loại World Cup 2010

Ngày 3 Tháng 10 năm 2008, trước sự thuyết phục của huấn luyện viên Bert van Marwijk, Van der Sar đã đồng ý quay trở lại thi đấu cho Hà Lan tại Vòng loại World Cup 2010 trận gặp Iceland và Nauy sau khi 2 thủ môn Maarten Stekelenburg,Henk Timmer dính chấn thương và không thể tham gia các trận đấu đó.[29] Van der Sar đã giữ sạch lưới ở cả hai trận, đồng thời Hà Lan cũng thắng với tỉ số 2–0 và 1–0.